O Comitê Gestor é uma instância de planejamento, tomada de decisão e acompanhamento do programa e deve estar presente em cada esfera federativa. Tem grande importância para assegurar o caráter intersetorial do Criança Feliz e a conjugação de esforços das diferentes políticas públicas. Os trabalhos do Comitê Gestor devem ser apoiados e subsidiados, em cada esfera, por um Grupo Técnico, também intersetorial, que executará as decisões tomadas no âmbito do Comitê Gestor. É fundamental que esta instância mantenha articulação, em cada esfera, com a coordenação do programa, com os coordenadores do Programa Bolsa Família e do Cadastro Único, com o Comitê Gestor do Programa Bolsa Família e com os Conselhos, de direitos e das políticas setoriais, dentre outros.