O ovo das aves geralmente é estéril, mas recentemente foi constatada a presença eventual de Salmonella spp. na gema, que pode ser encontrada no ovário ou na parte alta do oviduto da galinha. A proteção do ovo aos contaminantes externos é conferida pela cutícula, pela própria casca e pela membrana interna. Na clara, a viscosidade, o pH elevado e a lisozima são fatores que impedem a multiplicação dos micro-organismos que, eventualmente, tenham acesso ao interior do ovo. A contaminação é favorecida quando a umidade relativa do ambiente é elevada. Em ambientes secos, higiênicos e sem mudança de temperatura, o interior do ovo se preserva das contaminações.