Questão 2991734

Executar os scripts manualmente sempre que necessário, garantindo que cada etapa seja revisada antes da execução para minimizar erros.

Utilizar Snakemake ou Nextflow para estruturar workflows automatizados e empregar contêineres como Docker ou Singularity para padronizar o ambiente de execução.

Rodar o pipeline em um único computador sem conexão com a internet, garantindo que as versões das ferramentas permaneçam fixas ao longo do tempo.

Configurar todas as dependências manualmente e anotar versões de software em um arquivo de texto, permitindo que usuários repliquem a instalação em suas máquinas.

Depender exclusivamente de clusters computacionais institucionais, pois esses ambientes são configurados para sempre fornecer as mesmas versões de ferramentas para qualquer usuário.